Imhotep nacque ad Ankhtue, un sobborgo di Menfi, il 16º giorno di Epifi (il nostro 31 maggio) intorno al 2800 a.C. Il suo nome significa "colui che viene in pace". Sua madre, Keredu-Ankh, era originaria di Mendes e suo padre, Kanofer, era un architetto. Siccome in Egitto era comune tramandare il mestiere di padre in figli, fu proprio seguendo le orme del padre che Imhotep divenne architetto.
Platone parla di lui come di un diretto discendente di Atlantide che, perciò, possedeva una religione di tipo monoteista.
Sotto il regno di Zoser, Imhotep ricoprì la carica di gran visir di Eliopoli (tale carica gli è attribuita senza però essere supportata da prove certe). Il visir, nell'Antico Egitto, era il vicere, l'uomo tuttofare del faraone. Egli si occupava dell'amministrazione fiscale, giudiziaria ed edilizia oltre che sostituire il faraone in sua assenza.
Imhotep, divenuto famoso per aver progettato e costruito la piramide a gradoni di Zoser, fu il primo ad utilizzare la pietra per costruire edifici. In una galleria della piramide di Zoser fu ritrovato un sigillo con scritto "il carpentiere di Nekhen" che è il titolo con il quale veniva identificato Imhotep.
Il suo nome è comunque legato anche ad altre strepitose capacità come il riordino del calendario. Imhotep, che fu divinizzato nella XVIII dinastia, era anche un uomo dalle grandi conoscenze in fatto di medicina (anche quì non esistono documenti che provino che egli sia stato un medico). E' Manetone il primo a ricordarlo come medico al tempo di Zoser. Sembra che avesse anche scritto alcuni libri e delle poesie. Viene accreditato di molti titoli come sacerdote-lettore capo o ritualista, saggio, scriba, astrologo e mago. Una leggenda racconta che Imhotep, grazie al titolo di visir (è da quì che si pensa che ricoprì anche questa carica), pose fine a 7 anni di carestia.
Nel papiro di Oxyrynchus si afferma che il primo ad instaurare il suo culto fu Micerino. Con Amenofi III, gli scribi, prima di iniziare il loro lavoro, facevano cadere ina goccia di liquido dal calamaio in onore di Imhotep, in offerta al suo spirito. Col Medio Regno gli scribi iniziano a celebrarlo come grande letterato, mentre in epoca saitica (XXIV-XXVI dinastia) raggiunge il culmine della sua notorietà come dio guaritore. "Durante lo svolgimento di 6 feste annuali veniva fatto oggetto di culto particolare" (Kurt Sethe Hurry). La terrazza superiore del tempio di Hatshepsut è stata consacrata per Imhotep e Amenhotep, architetto di Amenofi III. I Greci, dal canto loro, lo divinizzarono in quanto dio della medicina accostandolo al un loro dio Asclepio, mentre alcuni imperatori romani, Tiberio e Claudio, scrissero lodi a lui dedicate. Imhotep fu anche accreditato di essere figlio diretto degli dei. I Greci pensarono che egli fu frutto dell'unione tra Efesto e una donna terrestre di nome Khrotionakh.
Un aneddoto racconta che, per guarire sua moglie Apopi da una malattia agli occhi, sperimentò con successo una cura antibatteriologica. Apopi, infatti, soffriva di una forma di congiuntivite molto diffusa in Egitto, grazie al clima molto asciutto, e particolarmente pericolosa per la vista. "La malattia è provocata da vermi piccoli che non si vedono" questo capì Imhotep con grande intuito e deduzione. Dopo vari tentativi realizzò una pasta verdastra composta di alcune particolari sostanze che, spalmata sugli occhi, guarì completamente la moglie. Imhotep aveva cominciato ad intraprendere una strada che solo 40 secoli dopo, con l'aiuto del microscopio, avrebbe portato alla batteriologia.
Alcuni ritrovamenti di utensili medici dimostrano come già al suo tempo i malati venivano operati chirurgicamente. Sembra persino che Imhotep operò con successo alcuni casi di tumore.
Si può affermare con buona certezza che Imhotep visse fino al regno di Huni, cioè fino al termine della III dinastia. La sua tomba dovrebbe trovarsi nei dintorni dell'Asklepleion, una cappella che si trova a Saqqara o a Menfi, all'interno di una necropoli denominata Ankh-tawi, dove sorge un santuario a lui dedicato.
Per il Canone di Torino, Imhotep è il figlio di Ptah.
Il nome di Imhotep è stato rinvenuto su una statua di Zoser e su alcuni vasi di pietra all'interno della piramide a gradoni.
Oltre alla piramide di Zoser, progettò anche un tempio dedicato al dio-sole di Eliopoli di cui però non rimangono altro che alcuni frammenti. Altre testimonianze di Imhotep compaiono sul muro di recinzione della piramide incompiuta di Sekhemkhet che di Zoser fu il successore.
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